Как Королева Набу, отстаивала права и свободы местных жителей, что сделало её самым уважаемым политиком в Галактике. Несмотря на относительно короткую жизнь, она сыграла важную роль в политических событиях в преддверии Войн клонов (Амидала и другие сенаторы были ответственными за создание Альянса повстанцев).
Сразу после Битвы на Геонозисе, Амидала была переправлена в Храм Джедаев вместе с ранеными Кеноби и Скайуокером. До того, как целители в Храме смогли вылечить ее раны, она ворвалась в Зал Целителей, требуя встречи с Анакином. Главный целитель Вокара Чи убеждал ее позволить целителям вылечить ее, или покинуть Храм. До того как она смогла продолжить настаивать, раненый Кеноби вышел из комнаты и попросил ее уйти. Вечером, вернувшись в аппартаменты на Корусканте, удивилась, увидев гостя - Кеноби. Он был послан Мастером Йодой, потребовать объяснений о их отношениях со Скайуокером, и держаться подальше от дел Ордена. Амидала солгала, говоря, что согласна, и попросила, может ли она сама закончить отношения, разрешить Скайуокеру сопровождать ее на Набу.
После Сражения на Джеонозисе, Энакин сопровождал Падме Амидалу на Набу. Там, в тенистой прохладе озера, в Варикино, том же самом месте, где родилась их любовь, эти двое, были обвенчаны в церемонии, которую вел Максирон Аголерга, служитель Братства Знаний., засвидетельствованной только C-3PO и R2-D2. С этого момента ее также называли Падме Наберри Скайуокер или Падме Амидала Скайуокер, хотя она никогда публично не использовала это имя. Это спокойное выражение любви предшествовало одним из самых темных моментов, которые перевернут жизнь Амидалы и галактики в целом.
Единственным свидетельством их свадьбы был официальный свиток, сключавший их имена, которые Аголерга поместил в Архив Братства. Однако, бывший начальник охраны Амидалы, Капитан Панака, узнал о свадьбе. И рассказал об этом Палпатину, который использовал это открытие в ближайшие годы.
«Оби-Ван… В нем еще осталось добро… я знаю. Я знаю, что есть… все еще.»
— Последние слова Падме Амидалы
Падме так никогда и не узнала, что случилось с Энакином. Она никогда не видела повреждения, нанесенные лезвием Кеноби или лавой Мустафара. После того как Оби-Ван победил Энакина (носившего теперь имя Дарта Вейдера) в поединке на световых мечах, мастер-джедай отвез Падме в медцентр на астероиде Полис Масса, где ждали Йода и Бейл Органа. Несмотря на ограниченный медицинский набор на борту ее судна, и полной медицинской помощи в медцентре на Полис Масса, ее жизненные силы продолжали истощаться. Там бригада врачей пробовала спасти Падме, но они обнаружили, что она умирала, «потеряв волю к жизни». В странном незнакомом помещении, как и в кошмарах Энакина, она родила близнецов — Люка и Лею Скайуокеров. Перед смертью, она сказала Оби-Вану, что в Энакине все еще есть добро. В возрасте двадцати семи лет, Падме умерла, оставив Люка и Лею, наследство и надежду будущего. Оби-Ван Кеноби, Йода и Бейл Органа поклялись держать детей в тайне. Она так и не увидела, как юные Скайуокеры стали продолжателями дела жизни своего отца и установили в галактике торжество справедливости.